Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 2 Kota Bogor adalah lembaga pendidikan setingkat Sekolah Menengah Atas (SMA) di bawah pengelolaan Kementerian Agama. MAN 2 Kota Bogor merupakan Madrasah alih fungsi dari Pendidikan Agama Islam (PGAN) Bogor, yang berdiri pada tahun 1950 dengan nama Sekolah Guru Agama Islam (SGAI) berdasarkan Surat Edaran Menteri Agama Nomor : 277/C9 tanggal 15 Agustus 1950. Pada tahun 1951 SGAI berubah menjadi PGA berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 7 tahun 1951 dengan masa belajar 5 tahun, kemudian pada tahun 1953 dilakukan perubahan kembali dengan masa belajar 6 tahun dengan pembagian kelas yaitu Kelas 1 sampai dengan kelas 4 dengan lama belajar 4 tahun dan Kelas 5 sampai kelas 6 lama belajar 2 tahun.
Selanjutnya melalui keputusan Menteri Agama No. 18 tahun 1978 berubah menjadi PGAN 6 tahun yaitu sekolah dinas yang menyelenggarakan Pendidikan Guru Agama dari kelas 1 sampai dengan kelas 6. Pada tahun 1978 Menteri Agama dengan Surat Keputusannya Nomor 19 tahun 1978 merubah PGAN 6 tahun menjadi PGAN 3 tahun.
Melalui Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor : 64/1990 PGAN Bogor dialihfungsikan menjadi Madrasah Aliyah Negeri Bogor II, kemudian melalui Surat Keputusan Penyempurnaan Nomor 42 tahun 1992 tanggal 27 Januari 1992 Madrasah Aliyah Negeri Bogor II menjadi Madrasah Aliyah Negeri 2 Kota Bogor (sekarang lebih dikenal MAN 2 Kota Bogor) yang terletak di Jalan Raya Pajajaran No. 06. Kelurahan Baranangsiang Kecamatan Bogor Timur Kota Bogor, Telp. (0251)8321740, Fax. (0251)8321741, Kode POS 16143. Madrasah ini berdiri diatas tanah seluas 7.206 M2